The IBEX Imaging Knowledge-Base: A Community Resource Enabling Adoption and Development of Immunofluoresence Imaging Methods

arXiv (Quantitative Biology > Tissues and Organs)

PREPRINT – Versão 2

A Knowledge-Base do IBEX (Iterative Bleaching Extends Multiplexity) é um portal central voltado para pesquisadores que utilizam o IBEX e métodos relacionados de imagem por imunofluorescência em 2D e 3D. Sua estrutura foi inspirada em iniciativas da comunidade de software de código aberto e inclui três partes principais: uma plataforma de desenvolvimento (GitHub), um site informativo e um serviço para armazenamento de dados.

Essa base de conhecimento promove a prática da ciência aberta ao longo de todo o ciclo de pesquisa, oferecendo dados de validação para reagentes recomendados e não recomendados, como anticorpos primários e secundários. Além de também incluir dados negativos, a plataforma ajuda na adoção e no aprimoramento dos métodos ao permitir o compartilhamento de protocolos, vídeos, conjuntos de dados, softwares e publicações.

Um fórum de discussão dedicado fortalece a comunidade de pesquisadores, permitindo a troca de ideias e o esclarecimento de dúvidas que não são abordadas em artigos científicos. Ao reunir cientistas de diferentes partes do mundo, a Knowledge-Base contribui para acelerar as descobertas científicas, reduzir tempo e esforço desperdiçados e aumentar a confiança nos dados gerados.

Abstract:
The iterative bleaching extends multiplexity (IBEX) Knowledge-Base is a central portal for researchers adopting IBEX and related 2D and 3D immunofluorescence imaging methods. The design of the Knowledge-Base is modeled after efforts in the open-source software community and includes three facets: a development platform (GitHub), static website, and service for data archiving. The Knowledge-Base facilitates the practice of open science throughout the research life cycle by providing validation data for recommended and non-recommended reagents, such as primary and secondary antibodies. In addition to reporting negative data, the Knowledge-Base empowers method adoption and evolution by providing a venue for sharing protocols, videos, datasets, software, and publications. A dedicated discussion forum fosters a sense of community among researchers while addressing questions not covered in published manuscripts. Together, scientists from around the world are advancing scientific discovery at a faster pace, reducing wasted time and effort, and instilling greater confidence in the resulting data.